PhD on 3D instantaneous imaging of organoids starting in fall 2022 in Bordeaux
BioImaging & OptoFluidics Lab
BiOf lab
Laboratoire Photonique Numérique et Nanosciences (LP2N), Bordeaux.
L’équipe BiOf du Laboratoire Photonique Numérique et Nanosciences (LP2N, Bordeaux) a développé une technique micro-fluidique d’encapsulation de cellules permettant une production contrôlée et à haut-débit de systèmes multi-cellulaires. Ces assemblages, par exemple des organoïdes qui vont récapituler certaines fonctions d’organes, présentent un fort intérêt et de nombreuses applications dans des domaines tels que l’ingénierie tissulaire, l’oncologie ou encore la médecine régénérative.
Ce travail de thèse a pour objectif d’implémenter et d’adapter des méthodes d’imagerie volumétrique telles que la tomographie à cohérence optique (OCT pour Optical Coherence Tomography en anglais) et la microscopie plenoptique (Light Field Microscopy en anglais) pour observer l’assemblage et l’évolution de ces structures complexes sur le long terme. En plus de l’aspect expérimental, ce travail de thèse s’intéressera à développer des approches numériques de traitement d’images pour corriger les aberrations induites par la structure complexe de l’échantillon et ainsi imager plus en profondeur.
Nous recherchons un/une candidat/e motivé(e), curieux et désireux de travailler sur un sujet à forte dominante optique dans un environnement interdisciplinaire.
Début de la thèse : Octobre 2022.
Financement : oui
Contacts : Amaury Badon (amaury.badon@institutoptique.fr)
Pierre Nassoy (pierre.nassoy@u-bordeaux.fr)